1. จุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย ได้แก่ ต้นจามจุรี เป็นต้นไม้ประจำมหาวิทยาลัย ถือเป็นสัญลักษณ์อย่างหนึ่งของจุฬาฯ มีความผูกพันกับชาวจุฬาฯ มาตั้งแต่เริ่มก่อตั้งเป็นมหาวิทยาลัย ในวันที่ 15 มกราคม 2505 พระบาทสมเด็จพระปรมินทรมหาภูมิพลอดุลยเดช ได้เสด็จพระราชดำเนินไปยังจุฬาลงกรณ์มหาวิทยาลัย พร้อมพระราชทานต้นจามจุรีแก่มหาวิทยาลัย จำนวน 5 ต้น ซึ่งพระองค์ทรงนำมาจากวังไกลกังวล หัวหิน และทรงปลูกด้วยพระองค์เอง พร้อมทั้งพระราชทานพระราชดำรัสว่า "จึงขอฝากต้นไม้ไว้ห้าต้นให้เป็นเครื่องเตือนใจตลอดกาล"
2. มหาวิทยาลัยกรุงเทพ ได้แก่ ต้นชัยพฤกษ์ เป็นต้นไม้มงคลที่ใช้ในพิธีการมงคลตามความเชื่อของคนไทย นำมาใช้เป็นต้นไม้ประจำมหาวิทยาลัย สมเด็จพระเทพรัตนราชสุดา สยามบรมราชกุมารี ทรงปลูกต้นชัยพฤกษ์ ณ บริเวณด้านหน้าอาคารฝั่งทิศใต้ ของอาคารหอสมุดสุรัตน์ โอสถานุเคราะห์ นับเป็นพระกรุณาธิคุณและเป็นมิ่งขวัญของชาวมหาวิทยาลัยกรุงเทพ ที่ต้นชัยพฤกษ์แห่งมิ่งมงคลนี้ จะหยั่งรากลึกลงในหัวใจของชาวมหาวิทยาลัยกรุงเทพสืบต่อไป
3. มหาวิทยาลัยขอนแก่น ได้แก่ ดอกกัลปพฤกษ์ เป็นต้นไม้ที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว และสมเด็จพระนางเจ้าฯ พระบรมราชินีนาถ ทรงปลูกพระราชทาน เมื่อครั้งเสด็จพระราชดำเนินประกอบพิธีเปิดมหาวิทยาลัย เมื่อวันที่ 20 ธันวาคม พุทธศักราช 2510 ต้นกัลปพฤกษ์เป็นต้นไม้ที่มีชื่อทางวิทยาศาสตร์ว่า Cassia bakeriana Craib ลักษณะเป็นต้นไม้ขนาดย่อม พุ่มใบแบนกว้าง ดอกสีชมพูระเรื่อสลับขาว ออกดอกเป็นช่อช่วงปลายฤดูหนาวย่างเข้าฤดูร้อน ชาวมหาวิทยาลัยขอนแก่จะเรียกว่า ดอกกาลพฤกษ์ ด้วยเหตุที่ว่า ดอกกาลพฤกษ์บานคราใดก็ถึงเวลาของการสอบไล่ ปิดภาคปลายและจบการศึกษา กาลพฤกษ์จึงเปรียบเสมือนต้นไม้แห่งกาลเวลาของมหาวิทยาลัยขอนแก่น
4. มหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ ได้แก่ นนทรีทรงปลูก พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงปลูกต้นนนทรี จำนวน ๙ ต้น ณ บริเวณหน้าหอประชุม มก. เมื่อวันที่ ๒๙ พฤศจิกายน ๒๕๐๖ เวลา ๑๕.๓๐ น. นับเป็นวันประวัติศาสตร์ นนทรีทรงปลูกที่ชาวมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ต้องจารึกไว้ในดวงจิตอย่างไม่มีวันลืม ต้นนนทรี (Peltophorum pterocarpum ) เป็นไม้ยืนต้นในตระกูล Leguminasae มีอายุยาวนาน ใบเขียว ตลอดปี ลำต้นแข็งแรง เปลือกสีเทาอม น้ำตาล ชูกิ่งก้านสาขาแผ่เรือนยอดสู่เบื้องบน ใบเป็นช่อแบบขนนกสองชั้น ดอกสีเหลือง ออกรวมกันเป็นช่อตั้ง ชี้ขึ้นตามปลายกิ่ง ผลเป็นฝักแบน ๆ เกลี้ยง ฝักอ่อนสีเขียว เมื่อ แก่ออกสีน้ำตาลแดง ทนทานในทุกสภาพ อากาศ
5. มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ได้แก่ ต้นประดู่แดง เป็นไม้เนื้อแข็งที่มีความแข็งแกร่ง ซึ่งแสดงถึงความแข็งแกร่งของสถาบัน ดอกที่มีสีแดงเข้ม ก็ตรงกับสีประจำสถาบัน และต้นประดู่แดงจะออกดอกในช่วงเดือนกุมภาพันธ์ ซึ่งตรงกับวันสถาปนามหาวิทยาลัย นั่นก็คือ 19 กุมภาพันธ์ ของทุกปี
6. มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ ได้แก่ ต้นหางนกยูง ซึ่งพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ได้เสด็จพระราชดำเนินมาทรงดนตรีที่หอประชุมใหญ่ มหาวิทยาลัยธรรมศาสตร์ เมื่อวันที่ 9 กุมภาพันธ์ 2506 และได้ทรงปลูกต้น "หางนกยูง" จำนวนห้าต้น ที่บริเวณหน้าหอประชุมใหญ่ เพื่อให้เป็นต้นไม้ประจำมหาวิทยาลัย ตามที่นักศึกษาขอพระราชทาน ซึ่งผู้ขอคือ นายวิทยา สุขดำรง
7. มหาวิทยาลัยมหิดล ได้แก่ ต้นกันภัยมหิดล ซึ่ง สมเด็จพระเจ้าพี่นางเธอ เจ้าฟ้ากัลยาณิวัฒนา กรมหลวงนราธิวาสราชนครินทร์ ประทานพระราชวินิจฉัยชี้ขาดให้ "ต้นกันภัยมหิดล" เป็นต้นไม้สัญลักษณ์ประจำมหาวิทยาลัยมหิดล เมื่อวันที่ 19 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2542
8. มหาวิทยาลัยอัสสัมชัญ ได้แก่ ต้นอโศก คือ ต้นไม้สัญลักษณ์มหาวิทยาลัยอัสสัมชัญ มีชื่อทางวิทยาศาสตร์ว่า พอลิแอลเธีย ลองจิโฟเลีย (Polyalthea longifolia) มีแหล่งกำเนิดในอินเดียและศรีลังกา เหตุผลที่มหาวิทยาลัยเลือกต้นอโศกเป็นต้นไม้ประจำมหาวิทยาลัย
9. มหาวิทยาลัยรังสิต มหาวิทยาลัยรังสิตได้ปลูก ต้นพะยอม ไว้เพื่อเป็นสัญลักษณ์ของสถาบัน และในโอกาสที่มหาวิทยาลัย เกษตรศาสตร์ รับเป็นเจ้าภาพจัดการแข่งขันกีฬามหาวิทยาลัยแห่งประเทศไทยครั้งที่ 20 เมื่อประมาณต้นปี พ.ศ. 2536 ได้มีหนังสือขอทราบชื่อต้นไม้ที่ใช้เป็นสัญลักษณ์ของมหาวิทยาลัยรังสิต เพื่อดำเนินการปลูกในบริเวณมหาวิทยาลัยเกษตรศาสตร์ให้นักกีฬาและนิสิต นักศึกษาได้เยี่ยมชมระหว่างการแข่งขันกีฬา คณะผู้บริหารมหาวิทยาลัยโดย ดร. สืบแสง พรหมบุญ(ขณะดำรงตำแหน่งรองอธิการบดี) ได้มีมติเห็นชอบกำหนดให้ต้นพะยอมเป็นต้นไม้สัญลักษณ์ประจำมหาวิทยาลัยรังสิต
10. มหาวิทยาลัยศิลปากร ได้แก่ ต้นจัน ต้นไม้ใหญ่ ผลมีกลิ่นหอมเฉพาะตัว ยืนต้นเก่าแก่อยู่คู่กับวังท่าพระมาช้านาน และยังมีต้นเก่าแก่อีกต้นที่พระตำหนักทับขวัญ พระราชวังสนามจันทร์ มหาวิทยาลัยจึงกำหนดให้ต้นจันเป็นต้นไม้ประจำมหาวิทยาลัย เป็นที่มาของเพลงกลิ่นจัน ปัจจุบันมีการปลูกต้นจันที่วิทยาเขตสารสนเทศเพชรบุรีเพิ่มขึ้นด้วย